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这项研究综合运用了单细胞RNA测序和空间转录组分析，以深入了解垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）的异质性及其进展机制。研究人员分析了超过177,000个细胞和35,000个位点，识别出不同的肿瘤细胞群，并详细描述了肿瘤微环境（TME）在肿瘤侵袭和进展过程中的重构。具体而言，该研究揭示了TPIT谱系PitNETs的侵袭性肿瘤集群，该集群以p53介导的增殖增加和更高的Trouillas分级为特征。此外，研究还发现SPP1+肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在侵袭...

这篇文章介绍了一项通过整合大规模蛋白质组学和遗传数据而开发的多尺度蛋白质组学网络模型，旨在揭示阿尔茨海默病（AD）的发病机制。研究人员分析了易受AD影响的脑区，如海马旁回（PHG）的蛋白质组，识别出数百个与AD相关的蛋白质共表达模块，其中一个关键模块揭示了神经元与胶质细胞（如星形胶质细胞和小胶质细胞）之间的相互作用失调。通过贝叶斯因果网络分析，研究确定了如AHNAK等关键驱动蛋白（KDPs），并通过人诱导多能干细胞...

这篇文章介绍了 Giotto Suite，这是一个全新的模块化软件包套件，旨在为不断增长的 空间多组学数据 提供可扩展且可互操作的端到端分析生态系统。其核心是一个创新的数据框架，能够以 技术无关 的方式，对跨越分子、形态和空间尺度的多样化空间数据集进行表示、整合和可视化。文章通过展示 Giotto Suite 在多尺度分析、多模式数据配准与整合、细胞分割比较以及处理大规模数据集等方面的应用，强调了该工具箱在促进空间生物学研究和...

这篇文章介绍了三维循环免疫荧光（3D CyCIF）这种高复杂度、高分辨率的三维组织成像方法，并将其应用于人类肿瘤样本研究。作者们强调，传统的薄组织切片（4-5微米）会导致细胞完整性受到严重破坏，进而引发细胞表型分析和细胞间相互作用分析的误差，因为高达95%的细胞核在薄切片中不完整。通过使用八到十倍厚的组织切片（30-40微米），3D CyCIF能够对完整细胞形态、亚细胞结构和局部细胞群落进行精确的形态学评估和分子标记物分析...

这篇文章介绍了 OmiCLIP 模型的开发，这是一个视觉-组学基础模型，旨在通过对比学习连接组织病理学图像（如苏木精和伊红染色图像）与空间转录组学数据。作者利用一个包含来自32个器官的220万对配对组织图像和转录组数据的 ST-bank数据集 对OmiCLIP进行了训练。基于OmiCLIP，他们构建了 Loki平台，该平台提供五项核心功能：组织对齐、基于批量RNA测序或标记基因的组织注释、细胞类型分解、图像-转录组检索以及从苏木精和伊红染色图...

这篇研究论文介绍了 DeepScientist，一个旨在于实现目标导向、完全自主科学发现的 AI 科学家系统。该系统将科学探索建模为一个 贝叶斯优化问题，通过“假设、验证和分析”的迭代循环运行，并利用 累积发现记忆 来平衡对新假设的探索和对有前景方向的利用。实验结果表明，DeepScientist 在三个前沿 AI 任务上，通过 生成超过 5,000 个独特想法 和 验证约 1,100 个，最终以显著优势超越了人类设计的现有技术水平（SOTA）。这提供了第一...

这篇文章介绍了 拓扑速度推断（TopoVelo） 模型，这是一种旨在从空间转录组数据中共同推断细胞命运转变的 空间和时间动态 的计算方法。TopoVelo 通过使用 空间耦合微分方程 扩展了 RNA 速度框架，将整个组织中的细胞关系建模为一个 图，并利用 图神经网络 捕获相邻细胞之间的相互影响。该模型能够推断 细胞速度（即细胞在物理空间中随时间推移的移动和分化方向和速率），并在发育中的小鼠大脑皮层、神经管闭合和小鼠/人类胚胎类器...

这篇文章使用空间转录组学揭示色氨酸代谢限制了肿瘤内三级淋巴结构（TLSs）的成熟。研究人员利用研究人员利用技术，确定了TLSs的不同发育阶段，并揭示了肿瘤衍生的色氨酸代谢会限制TLS的成熟，从而阻碍抗肿瘤免疫。文章根据发育潜力将传统的未成熟TLSs进一步分为顺应性和偏离性两类，并指出顺应性TLSs与成熟TLSs具有相似的抗肿瘤免疫功能，可作为免疫检查点阻断（ICB）治疗反应的潜在预测生物标志物。此外，该研究通过小鼠模型和TD...

这篇篇科学论文重点研究了癌症引起的神经损伤 (CINI)如何促进肿瘤对抗 PD-1 疗法产生抗性。研究人员通过对皮肤鳞状细胞癌 (cSCC)、黑色素瘤和胃癌患者队列的多组学分析和临床试验数据，结合体内小鼠模型和体外细胞共培养实验，提出了一个机制。这一机制表明癌细胞通过髓磷脂降解导致神经损伤，进而触发神经炎症，上调 IFN-I 和 IL-6 信号通路，最终在肿瘤微环境中形成免疫抑制环境。实验结果表明，通过阻断 IFN-I 或 IL-6 信号传导...

这篇文章介绍了 MintFlow，这是一种生成式人工智能算法，专门用于空间转录组学数据，以解析组织微环境如何影响细胞状态。MintFlow 的核心优势在于它能够将细胞基因表达分解为内在变异和微环境诱导的组成部分，从而实现对组织扰动的虚拟模拟。研究人员将 MintFlow 应用于特应性皮炎、黑色素瘤和肾癌三种人类疾病，成功识别出疾病特异性的空间细胞状态和基因程序，例如在肾癌中发现了免疫抑制性的三级淋巴结构 (TLS) 边界 T 细胞。通...

这份研究文章及其摘要讨论了巨胞饮作用在胰腺癌相关成纤维细胞（CAFs）亚型维持中的作用，尤其是在代谢压力（如谷氨酰胺缺乏）下。作者证明了抑制巨胞饮作用会促使肌成纤维细胞（myCAFs）转化为炎症性成纤维细胞（iCAFs），这是一个依赖于MEK-ERK信号通路的、代谢应激驱动的过程。这种CAF可塑性的改变重塑了胰腺肿瘤微环境，具体表现为胶原沉积减少、血管扩张以及T细胞浸润增加。研究结果表明，通过抑制巨胞饮作用来改变基质结构，...

这份研究概述了 癌症神经科学 这一新兴领域，强调了 神经元 在 癌症的发生、生长和扩散 中的作用。文章重点介绍了 线粒体 这一细胞器在细胞间的转移现象，它能够为癌细胞提供能量并改变其代谢方式。具体来说，研究人员利用一种名为 MitoTRACER 的追踪工具，发现在乳腺癌、黑色素瘤和前列腺癌等多种癌症类型中， 神经元 会将 线粒体 通过 隧道纳米管 转移给 癌细胞 。这种转移促使癌细胞进行 代谢重编程 ，增强了其 氧化呼吸能力 、...

这篇文章详细介绍了TriPath，这是一个用于分析3D病理学样本的深度学习平台，旨在预测临床结果，特别是前列腺癌的生化复发。该研究强调，利用3D组织体积 进行预后分析，例如使用开放式光片显微镜 (OTLS) 或微型计算机断层扫描 (microCT) 采集的图像，优于传统的2D切片 方法和病理学家基线，因为它能更好地捕获 组织异质性 并减轻 采样偏差。TriPath采用弱监督学习方法，无需详细的手动注释即可处理巨大的千兆体素数据集，并提供可解...

这篇文章介绍并验证了 PathoPlex，这是一个可扩展且可解释的框架，用于在亚细胞分辨率下对甲醛固定石蜡包埋 (FFPE) 标本进行 高多重成像。PathoPlex 结合了基于循环免疫荧光成像 的通用实验方案和spatiomic这一开源软件库，后者专注于像素级蛋白质共表达模式分析。该方法旨在克服现有空间生物学技术的局限性，例如设备依赖性、抗体组大小限制以及空间分辨率不足，提供了一个无需商业设备且具备自动化功能的解决方案。通过对肾脏疾...

这篇文章详细介绍了一项基于成像质谱流式细胞术 (IMC) 对三阴性乳腺癌（TNBC）肿瘤的空间单细胞图谱分析研究。作者通过识别基底腔细胞表型和CD8+ T 细胞空间相互作用模式，建立了一种新的乳腺癌分层系统，旨在提高对疾病复发风险的预测。研究发现，具有干细胞样特征的基底腔肿瘤细胞（表达 CK5 和 CK7）与疾病快速复发相关，而具有炎症性 CD8+ T 细胞环境的肿瘤则预示着更好的预后和免疫治疗响应率。最终，该研究整合这些特征提出...

这篇文章对循环肿瘤细胞（CTCs）进行了全面的综述，CTCs是转移性癌症扩散的关键介质，可通过液体活检进行检测。文章讨论了CTCs的分子生物学特性及其临床应用潜力，重点介绍了用于CTCs富集和单细胞分析的技术进步，例如使用大血容量（如白细胞分离术）结合先进的微流控设备。尽管CTCs在某些临床应用中已被循环肿瘤DNA（ctDNA）超越，但新的技术和生物学见解正在重新确立CTCs在肿瘤异质性评估、免疫疗法指导以及早期癌症诊断中的重要...

这篇研究介绍了一项关于增强癌症免疫疗法的新策略。 研究人员开发了一种名为 TFF2-MSA 的 CXCR4 部分激动剂肽，并发现它能有效地使小鼠胃癌对抗PD-1免疫疗法敏感。 这种联合疗法通过靶向并减少免疫抑制性中性粒细胞 (PMN-MDSCs) 和癌症驱动的粒细胞生成，从而在肿瘤微环境中激活强大的抗肿瘤CD8+T细胞反应。 值得注意的是，TFF2-MSA的作用优于完全的 CXCR4拮抗剂，并且在胃癌患者中，较低的TFF2水平与CXCR4+LOX-1+ PMN-MDSCs 的升...

这篇文章介绍了名为 Stereo-seq V2 的先进空间转录组学技术。该技术专为对福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 样本进行高分辨率总RNA空间定位而设计，这些样本是临床实践中常见但难以进行高质量 RNA 分析的样本。Stereo-seq V2采用随机引物捕获策略，与仅针对聚腺苷酸（poly(A)）尾巴的技术相比，能够实现无偏性转录本捕获和全基因体覆盖，从而能更有效地分析非编码 RNA (ncRNA) 和免疫受体库。这项创新使得该技术能够同时分析宿主和病...

这篇文章对数字病理学中的基础模型（FM）进行了系统性调查，重点关注其对非生物技术特征（如扫描仪或染色差异）的 鲁棒性 。作者提出了 PathoROB 基准，包含三个新指标（如鲁棒性指数）和四个多中心数据集，旨在量化和评估20个现有FM的鲁棒性缺陷。研究发现，FM鲁棒性不足会导致诊断下游任务中出现重大错误，即“巧手汉斯”学习问题，进而妨碍临床安全采用。该工作还提出了 FM 鲁棒化框架 ，包括图像空间、表示空间和训练鲁棒化方法...

这篇评论文章深入探讨了 干扰素 (IFN) 在健康和疾病中的 基本作用 ，干扰素是具有保护和致病作用的信号蛋白。文章详细介绍了 I 型、II 型和 III 型干扰素 的结构、功能和受体，尽管它们不同，但都通过 Janus 激酶 网络进行信号传导。作者概述了调控 IFN 诱导和反应的 细胞和分子机制 ，强调了它们在感染、肿瘤发生、自身免疫、炎症和遗传疾病中的作用，特别是在 粘膜组织 中。总体而言，该文本侧重于 平衡的 IFN 家族成员产生 对于...

这篇文章深入探讨了 线粒体的内共生起源 如何使其成为细胞内信号传导的关键枢纽，特别是与 炎症和免疫反应 相关联。文章指出，线粒体保留的 细菌特征 （如未甲基化的DNA和某些蛋白质）通常被细胞隔离，但当这种 内共生关系破裂 时，这些线粒体因子释放到细胞质中，就会触发免疫反应和炎症。文章提出了一个中心假说： 环境因素 （如肥胖和饮食变化）引起的线粒体功能障碍和信号失调，可能是 炎症和自身免疫性疾病 发病率上升的关键...

这篇文章提供了一篇关于 自然杀伤（NK）细胞疗法 的全面综述，重点介绍了其在癌症免疫治疗中的应用和潜力。文章详细探讨了 NK细胞的生物学特性 ，包括其作为先天免疫系统淋巴细胞的能力，以及识别和清除受压细胞（尤其是肿瘤细胞和受病毒感染细胞）的功能。它还分析了 NK细胞治疗的各种策略 ，包括使用免疫检查点抑制剂、NK细胞衔接器（NKCEs），以及输注经过预活化或基因工程改造的自体或异体NK细胞产品。最后，该综述强调了NK细...

这篇文章介绍了 Cell Marker Accordion，这是一个新颖的、用户友好的旨在解决单细胞和空间组学数据中细胞类型和状态注释的挑战。 文章指出，现有工具和数据库使用不一致的标记物，导致注释结果不一致，特别是在疾病研究中，这些工具的局限性更为明显。 Cell Marker Accordion 平台整合了多个标记物数据库，并根据标记物的一致性和特异性进行加权，从而提供自动且更易于生物学解释的注释。 经过多个人类和小鼠数据集的验证，该工具...

这篇科学综述主要讨论了 肥胖和2型糖尿病（T2D）这两种常见代谢紊乱的潜在原因和机制。文章重点阐述了胰岛素抵抗 ，将其描述为能量摄入与消耗失衡导致营养储存途径增加的结果。此外，该综述探讨了 脂肪组织功能障碍 、炎症途径、循环代谢物以及 肝脏葡萄糖生成增加 在T2D发病机制中的作用，并着重介绍了人类和相关动物模型的研究数据，旨在为T2D的 未来精准医疗 提供见解。 References: Roden M, Shulman G I. The integrative bio...

这篇文章讨论了 癌症治疗中的药物耐药性 这一复杂问题，指出它是实现癌症治愈的主要限制因素。作者首先通过 还原论方法 确定并分离了耐药性的关键决定因素，包括肿瘤负荷和生长动力学、肿瘤异质性、物理屏障、免疫系统和微环境，以及治疗压力带来的后果。文章接着提出了四种主要的解决方案，旨在通过 早期检测 、实现 更深层次的治疗反应 、进行 治疗监测和自适应干预 ，以及 利用癌症依赖性 来克服或延迟耐药性的出现。最终，文章...