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这份研究介绍了一种名为 wellDR-seq 的高分辨率、高通量单细胞测序方法，该方法能够同时分析单个细胞的 全基因组和转录组 。研究人员将这项技术应用于 雌激素受体阳性（ER+）乳腺癌 样本，以探究拷贝数变异（CNAs）与基因表达之间的复杂关系。通过对12名患者的分析，研究确定了 Luminal 激素反应性细胞 是某些 ER+ 乳腺癌的潜在起源细胞，并揭示了近 56% 的拷贝数变异片段与基因表达存在近似线性相关性，从而区分出 剂量敏感和剂量...

这篇文章介绍了 THREADS，这是一个用于肿瘤病理学的新的基础模型，旨在解决计算病理学中数据稀疏性的挑战。THREADS 是一个通用编码器模型，通过多模态对比学习进行预训练，利用 下一代测序获得的分子图谱 来指导幻灯片表示学习。作者集合了迄今为止最广泛的多模态训练数据集 MBTG-47K（包含超过 47,000 个样本），并将 THREADS 的性能与多个基线模型进行了比较，显示其在 癌症分级、突变预测、IHC 状态预测、治疗反应和生存预测 等...

这篇文章研究了 IL-25 诱导的 2 型天然淋巴细胞（ILC2s） 如何在小肠中建立并维持长期的 粘膜免疫。研究人员发现，IL-25 治疗能够导致小肠的持续适应性变化，这种适应性是通过具有 效应记忆特性 的 ILC2s 来维持的。这些 效应记忆 ILC2s 与增强对各种粘膜病原体的抵抗力有关，并且在 没有警报素（alarmins）或 簇状细胞（tuft cells）的情况下依然能保持其激活状态和功能。通过单细胞 RNA 测序和 ATAC 测序，文章揭示了这些 ILC2s...

这篇文章概述了 蠕动脂肪（CF）在克罗恩病（CD）导致的肠道狭窄中的作用。研究人员发现，一种促纤维化、机械敏感的CTHRC1+成纤维细胞 群源自蠕动脂肪，并通过 YAP/TAZ信号传导 促进肠道纤维化。通过结合人类单细胞图谱和 小鼠模型 ，该研究确定了这些成纤维细胞是纤维化的关键来源，并提出通过靶向蠕动脂肪来治疗 克罗恩病狭窄 的可能性。 References: Bauer-Rowe, Khristian E., et al. "Creeping fat-derived mechanosensitive f...

这篇文章 深入研究了星形胶质细胞的超微结构 及其与神经元突触的相互作用，超越了传统的“三方突触”概念，提出了 “三方突触网络” 的新模型。研究使用 聚焦离子束/扫描电子显微镜 (FIB-SEM) 和 双光子钙成像技术，揭示了星形胶质细胞的“小叶”（leaflets）区域通过 缝隙连接 形成相互连接的结构域，并富含表达 IP3受体的微小内质网（i-ER） 。这些小叶域能够 整合来自多个独立突触回路的信号 ，并响应突触活动产生 依赖于IP3R1的钙信...

这份研究利用基于抗体的空间蛋白质组学和3D共聚焦成像技术，对人类初级纤毛的715种蛋白质进行了定位，揭示了初级纤毛在不同细胞类型和单个纤毛中存在的 广泛异质性 。研究发现了纤毛内的 空间微域 ，确定了69%的纤毛蛋白具有 细胞类型特异性 ，并确认了 91种新型纤毛蛋白 ，其中CREB3被认为是 纤毛病候选基因 。该研究最终建立了一个开放的、具有空间信息的纤毛图谱，以促进纤毛和纤毛病的研究。 References: Hansen, Jan N., et a...

这篇文章详细介绍了一项针对帕金森病（PD）患者进行的人胚胎干细胞（hESC）衍生多巴胺祖细胞（A9-DPC）移植的单中心、开放标签、剂量递增的I/IIa期临床试验。研究的主要发现是，将高纯度A9-DPC移植到双侧壳核是安全且耐受性良好的，在12个月的随访期内没有出现肿瘤形成或细胞过度生长等严重不良事件。探索性疗效结果表明，运动症状有所改善，尤其是在高剂量组，这与多巴胺转运蛋白（DAT）结合增加的PET成像结果相一致，表明移植物...

这篇综述文章探讨了 RNA 剪接失调 与 癌症特征 之间的密切关系。文章详细解释了 异常剪接 如何成为几乎所有肿瘤类型的分子特征，这种改变源于 复发性突变 和 反式作用因子 表达的改变，从而促进 肿瘤发生 。作者随后讨论了异常剪接如何通过影响细胞增殖、凋亡、转移、化疗抵抗和免疫逃逸等“癌症的标志”来驱动癌症发展。最后，文章回顾了针对剪接机制（如 SF3B1 抑制剂 和 剪接因子靶向 ）以及 特定剪接异构体 （如利用 反义寡核苷...

这篇综述文章重点介绍了髓母细胞瘤（MB），这是一种常见的儿童中枢神经系统恶性肿瘤。文章概述了自首次下一代测序研究以来，通过大规模基因组学、表观基因组学、转录组学和蛋白质组学分析所获得的分子和生物学见解，详细阐述了MB的四种公认分子亚组（WNT、SHH、Group 3 和 Group 4）及其进一步细分。此外，它探讨了肿瘤内异质性、复发和转移的分子机制，并讨论了这些分子发现如何转化为改进的风险分层和分子靶向治疗等新兴临床应用...

这篇文章详细介绍了一项关于人类肠道内温和噬菌体的广泛研究，温和噬菌体是整合到细菌基因组中的病毒。研究人员通过使用252个细菌分离株和10种不同的诱导条件，包括人类结肠细胞（Caco2）产物，对134个可诱导的原噬菌体进行了表征。一个关键发现是，只有一小部分（18%）计算预测的原噬菌体在纯培养中被诱导，但在合成微生物群落与人类细胞共培养时，诱导率增加到35%，这表明人类宿主相关因子可能作为诱导触发因素。此外，研究确定...

这篇文章研究了转录因子OTX2在恶性小儿脑瘤3组髓母细胞瘤 (MB) 中的非经典作用。研究发现，OTX2通过蛋白质相互作用与剪接调节复合物（LASR）结合，调节一种干细胞剪接程序，从而促进肿瘤进展。具体而言，OTX2调节替代剪接事件，特别是早期谱系基因 PPHLN1 和晚期谱系基因 MADD 的剪接变体，这些变体与肿瘤的干细胞状态和恶性亚型相关。实验结果表明，靶向 PPHLN1 剪接可以抑制体外肿瘤球生长并延长体内小鼠的生存期，这表明 OTX2...

该研究探索了髓母细胞瘤 (MB)，特别是常见的第 4 组 (G4) MB 的起源，这是一种恶性小儿脑瘤。 研究人员发现，G4 MB 的发生与人类菱脑唇 (RL) 分化失败有关，这与小鼠等其他哺乳动物的发育过程存在差异。 遗传变异，例如影响 核心结合因子 alpha (CBFA) 复合物的突变和 OTX2 基因的表达改变，阻止了 RL 祖细胞的正常分化，导致 G4 MB 的形成。 这种对人类特有的 RL 扩展和祖细胞的易感性，表明了人类在进化过程中可能对这种癌症存在...

这篇文章重点研究OTX2-PAX3 信号轴如何调控第 3 组髓母细胞瘤的细胞命运。研究表明，OTX2 是一种强效癌基因，通过抑制神经分化和调控染色质结构来促进肿瘤生长，而PAX3 和 PAX6的低表达与患者生存率降低相关。文章通过多组学和体外体内实验发现，OTX2 沉默会增加 PAX3 表达并降低 mTORC1 信号活性，PAX3 的过表达也能显著抑制肿瘤发生和延长生存期。这些发现提示，mTORC1 信号通路与未分化的干细胞/祖细胞程序相关，且可能是治疗这...

这篇文章介绍了基于对 274,241名英国生物样本库（UK Biobank）参与者 的分析所建立的人体代谢组-表型图谱。这项研究系统性地描绘了血浆代谢物与 1,386种疾病以及 3,142种健康特征之间的关联，中位随访时间达14.9年。研究发现了数万个代谢物-疾病和代谢物-特征关联，并利用机器学习建立代谢风险评分（MetRS）来预测和分类多种疾病。此外，通过孟德尔随机化和共定位分析，研究者确定了 454对潜在的因果代谢物-疾病关联，其中大部分具...

这份研究文章总结主要介绍了脂肪组织巨噬细胞（ATMs）的亚组织定位与其功能的关系，特别聚焦于分隔巨噬细胞（sATMs）。研究人员确定了三种不同的ATM群组——实质性（pATMs）、囊性（cATMs）和分隔性（sATMs），并发现sATMs（由CD209b和LYVE1标记）驻留在白色脂肪组织（WAT）的间隔中，靠近脂肪细胞干细胞（ASCs）。通过转化生长因子-β1 (TGFβ1) 信号传导，这些sATMs指导ASCs分化为储存能量的白色脂肪细胞，从而限制产热潜力。实验证...

这篇文章利用长读长单细胞核RNA测序（snNanoRNAseq）技术，全面绘制了成年人心脏及其衰竭状态下的剪接异构体图谱。研究人员深入分析了健康和心力衰竭（HF）患者左心室中不同细胞类型（尤其是心肌细胞）的全长异构体异质性和使用模式。核心发现是，异构体多样性在心脏细胞系统中普遍存在，不仅作为一种转录后缓冲系统来校准分子储备，而且在心力衰竭中，许多基因表现出显著的差异异构体使用（DIU）变化，这些变化通常会改变蛋白质编...

这篇文章介绍了 CellPhenoX，这是一种用于单细胞多组学数据的可解释机器学习方法，旨在预测临床表型。该方法通过整合分类模型和可解释人工智能（XAI）技术（如 SHAP 值），生成 可解释的细胞特异性分数，以识别与临床结果相关的细胞群体和相互作用效应。文章详细描述了CellPhenoX的方法论，包括如何使用邻域丰度矩阵（NAM）和降维技术来预测临床表型，同时纳入协变量和相互作用项。通过在模拟数据集、COVID-19单细胞蛋白质组学和溃...

这篇文章详述了一项针对肿瘤相关三级淋巴结构 (TA-TLSs) 的泛癌症空间转录组学研究，旨在解析其细胞特征、空间组织和成熟机制。研究团队通过分析不同成熟阶段（淋巴聚集体、原发滤泡样和继发滤泡样）的TA-TLSs，发现IgG + 浆细胞在成熟的TA-TLSs中富集。他们识别出 CCL19 + 血管周细胞可能作为淋巴组织组织者细胞，促进TA-TLSs的形成，并通过实验证明动脉内皮细胞能够获得高内皮微静脉（HEV）样表型，这与Notch信号通路的抑制有关...

这篇文章介绍了 ROSIE，这是一个深度学习框架，旨在通过计算方法从 苏木精和伊红 (H&E) 组织病理学图像 生成多重免疫荧光 (mIF) 染色结果。 H&E 染色是一种经济实惠且常用的方法，但它不能直接提供特定的分子标记信息，而 mIF 染色技术（例如 CODEX）虽然提供了丰富的组织微环境信息，但成本高昂且耗时。 ROSIE 通过在一个包含超过 1300 个配对 H&E 和 mIF 样本的 大规模数据集 上进行训练，能够从 H&E 图像中推算出数十种蛋白质的...

这篇文章详细介绍了利用多模式分析框架对人头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中T细胞的克隆性、表型和空间定位进行单细胞分辨率分析。研究人员整合了高维流式细胞术、单细胞RNA和TCR测序以及空间转录组学，特别是空间解析的TCR谱分析，以揭示T细胞在肿瘤微环境（TME）中的组织原理。关键发现包括T细胞表型（如干细胞样或耗竭状态）与其空间位置（如富含免疫的生态位或肿瘤密集区域）之间存在关联，表明局部环境线索而非仅克隆身份决定了T...

这份研究概述了一项关于肉瘤样肾细胞癌 (sRCC) 复杂肿瘤免疫微环境的全面研究，这种癌症类型虽然侵袭性极高，但对免疫检查点阻断疗法 (ICB) 却表现出异常的敏感性。文章通过单细胞和空间分析，揭示了sRCC中T细胞的活化和衰竭状态增加，以及三级淋巴结构 (TLS) 的普遍存在。研究进一步证明，sRCC 中B细胞成熟和抗肿瘤体液免疫活动增强，同时还发现了一个与铁代谢相关的潜在脆弱性。最重要的是，作者们提出了一个“基因组去分化特征 (...

这篇文章重点介绍了利用单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）和 Xenium 空间转录组学技术对发育中的人类肠道中间充质细胞（成纤维细胞）多样性进行精细映射的研究。作者定义了五种主要的间充质细胞群，包括上皮下细胞 (SEC)、固有层成纤维细胞 (LPF)、黏膜下成纤维细胞 (SMF)、平滑肌细胞 (SMC) 和罕见的 CXCL13+ 成纤维细胞，并确定了它们在肠道组织内的精确解剖位置。此外，该研究将这一高分辨率空间图谱作为一个基准，评估了人类肠道类...

这篇文章介绍了 TopoLa，这是一个新颖的拓扑编码潜在双曲几何框架，旨在通过捕获细胞间精细的拓扑关系，来增强单细胞和空间组学研究中的 细胞表示。该框架包含两个关键组件：TopoLa 距离 (TLd)，用于量化潜在双曲空间中的几何距离，以及 TopoConv，用于通过对具有相似拓扑结构的相邻细胞进行卷积来优化细胞表示。作者通过在七项生物学任务上展示对现有先进模型的显著性能改进，如单细胞 RNA 测序数据聚类和空间转录组学域识别，验...

这篇文章构建了一个 泛癌种人脑转移瘤（BrM）的单细胞图谱 。这项研究基于对108个BrM和111个原发性肿瘤（PTs）样本的单细胞RNA测序分析， 揭示了不同癌症类型中BrM的细胞和转录组特征 。研究发现，转移性肿瘤细胞（MTCs）普遍存在 染色体不稳定性增加和神经样元程序富集 等共享特征，且BrM微环境主要由 免疫抑制性免疫和基质细胞亚群 主导。此外，作者定义了 五种BrM生态型 ，它们与特定的临床表型特征相关联，并提出了 NECTIN2-TI...

这篇文章报道了泛癌蛋白组图谱 (TPCPA) 的创建，这是一个基于高通量、单次数据非依赖性采集 (DIA) 质谱的大规模蛋白组景观，涵盖了22种癌症类型（包括18种实体瘤和4种血液肿瘤），共计 999 个人类样本。研究旨在通过分析9,670种蛋白质，揭示泛癌生物学、潜在的生物标志物和治疗靶点，例如鉴定出具有预后价值的结直肠癌 (CRC) 免疫亚型，并开发了一个用于识别原发不明转移瘤的多癌分类器。所有TPCPA数据 均可通过专门的网络资源进行...