聊聊Sci

Evo 2 ，这是一种 生物基础模型 ，旨在 理解和设计生命所有领域的基因组 。它通过 分析9.3万亿个核苷酸标记 ，能够 预测突变对蛋白质、RNA和生物体适应性的影响 ，并在 生成新的基因组序列 方面表现出色。Evo 2 的创新之处在于，它能 在分子到基因组的尺度上进行泛化 ，并通过 稀疏自编码器揭示生物学特征 ，即便对于已灭绝物种的基因组也能进行 功能性基因组注释 。该研究还展示了如何 利用该模型进行可控的基因组设计 ，例如 编...

这项工作介绍了Tahoe-100M，一个大规模的单细胞扰动图谱，包含超过一亿个转录组数据，这些数据来源于50种癌细胞系在1100多种小分子药物扰动下的响应。利用其Mosaic平台，该项目旨在克服现有单细胞数据集的局限性，如批次效应和数据覆盖不足。通过公开这个庞大的资源，作者希望加速人工智能驱动的细胞行为模型的发展，从而更深入地理解基因功能、调控网络以及细胞如何响应外部刺激。研究结果展示了平台在捕捉药物诱导的转录组效应和...

Reference: Predicting cellular responses to perturbationacross diverse contexts with State. Arc正式发布首个虚拟细胞模型 State，这是一种用于预测细胞扰动反应的机器学习模型。该模型旨在克服现有计算方法在泛化不同细胞背景下扰动效应方面的局限性。State 包含两个主要组件：State Transition (ST) 模型，它学习扰动引起的细胞群体转变；以及 State Embedding (SE) 模型，它从大量观察性单细胞数据中生成富有表现力的细胞...

最新一期的Nature发表了一篇news文章“Can AI build a virtual cell? Scientists race to model life’s smallest unit”， 讨论了科学家们利用人工智能创建虚拟细胞的努力 。虚拟细胞是一种 AI模型，旨在预测细胞行为 ，例如肿瘤细胞对药物的反应。文章指出， 开发这些模型的动机是为了将细胞生物学从主要依赖实验转向主要依赖计算 。尽管这项任务面临巨大挑战且尚处于早期阶段，但 它已吸引了学术界和工业界的巨大兴趣和资金 。然而...

于2025年5月发表在《Nature genetics》上的“The multilayered transcriptionalarchitecture of glioblastoma ecosystems”。利用 单核RNA测序 和 DNA测序 ，对异柠檬酸脱氢酶野生型胶质母细胞瘤（GBM）的 多层转录结构 进行了深入分析。研究人员 发现了三种新的恶性细胞状态 ，并识别了 三种基线基因表达模式 ，这些模式在肿瘤之间存在差异，但在一开始便存在于肿瘤内部的各种细胞状态中。此外，该研究还探讨了 肿瘤微环境 和 遗传...

Nature 《News & views》栏目中的一篇文章 概述了胡佛及其同事的发现 ， 强调了癌细胞获取神经元线粒体以促进其扩散的能力 。 线粒体，作为细胞的能量中心，在代谢中扮演着核心角色 。文章指出， 癌细胞可以通过从神经元获取线粒体来增强其代谢能力 ， 变得更能抵抗压力 ，并 提高其“干性”特征，从而促进癌细胞在体内的扩散 。此外，文章还 讨论了线粒体如何在细胞间转移 ， 包括自由漂浮、通过囊泡或通过隧穿纳米管 ，并 重点...

文章 探讨了将机器学习应用于医疗实践的日益增长的趋势 ，强调其在改善疾病诊断和预测方面的潜力。文章 解释了机器学习模型如何通过识别复杂模式来辅助医生 ，这些模式是人类医生难以察觉的，从而可能节约资源并挽救生命。然而，作者 对这些模型的广泛部署提出了严重的担忧 ，特别指出它们可能 污染电子健康记录 (EHR) 中的数据 。这种污染是由于成功的干预措施导致模型预测的结果与实际发生的情况不符，从而 扭曲了训练和评估未来...

这篇文章来自2017年的Nature, 汇集了来自多位 科学家的职业建议 ，他们分享了在学术界取得成功的10个秘诀。 1. Focus on the fundamentals 2. Don’t be afraid to jump ship 3. Learn the power of yes 4. Put yourself first 5. Listen to your lab members 6. Knock on doors 7. Don’t sweat the small details 8. Know your value 9. Think outside the lab 10. Don’t take grants for granted 前往小宇宙评论区与主播互动

这篇于2025年6月4期发表在Nature杂志，由Simon R. V. Knott和Dan Theodorescu领导的名为“Y Chromosome Loss in Cancer and T Cells”的article，探讨了 Y染色体丢失（LOY）在男性癌症进展中的作用，既考察了肿瘤细胞中的LOY，也考察了肿瘤微环境（TME）中良性细胞（特别是T细胞）的LOY。研究通过对人类肿瘤和鼠模型进行全面的泛癌分析，揭示了癌细胞LOY与TME中其他细胞的LOY之间存在关联 。值得注意的是， T细胞中的LOY与免疫抑制相...

最近Weill Cornell Medicine Christopher E. Mason领导的团队在预印本发表了人体解剖空间图谱The Spatial Atlas of Human Anatomy (SAHA)。这是一个前所未有的多模态、亚细胞分辨率参考资源，涵盖了健康成人体内的胃肠道和免疫系统。通过整合空间转录组学、蛋白质组学和组织学数据，SAHA 详细描绘了细胞组织、细胞间相互作用和组织微环境。这项工作不仅提供了正常组织的高分辨率基线，还通过与结直肠癌和炎症性肠病等疾病的比较分...