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这份研究揭示了胰腺癌中成纤维细胞（CAF）的异质性如何通过抑制三级淋巴结构（TLS）的形成，进而导致肿瘤对免疫疗法产生抗性。实验表明，富含肌成纤维细胞（myCAF）的肿瘤具有显著的TGFβ信号通路激活，这种信号会通过阻断关键趋化因子的分泌来遏制网状成纤维细胞（rCAF）的分化。通过联合使用LTBR激动剂和TGFβ受体抑制剂，研究人员成功地将受抑制的基质重塑为具有免疫活性的网状网络，从而促进了T细胞和B细胞的浸润。该发现证明，...

本研究构建了一个高分辨率的人类胶质母细胞瘤（GBM）空间多组学图谱，通过整合单细胞测序与空间转录组技术，揭示了肿瘤内部复杂的细胞组织模式。研究团队详细绘制了解剖龛（Anatomic Niches）的分子特征，并识别出与血管、间质及免疫微环境相关的特定细胞状态。特别地，该图谱发现了一类仅存在于肿瘤核心及周血管区域的特殊少突胶质细胞亚群，其基因表达特征与肿瘤复发及预后不良密切相关。通过提供这一公开的交互式资源，该研究为...

本文介绍了一种名为 DrugReflector 的创新型深度学习框架，旨在通过转录组学数据提升表型药物发现的效率。研究人员利用单细胞 RNA 测序技术捕捉疾病状态与药物干预之间的基因表达差异，构建了一个名为“实验室闭环”的有源强化学习系统。该框架在血液病和肿瘤学领域的实验中表现卓越，其筛选命中率较传统随机方法提高了 10 倍以上。通过将表型测量与转录数据相结合，该模型能够不断优化目标特征并揭示如胆固醇生物合成等此前未被发现...

So3D 是一个创新的三维空间组学综合资源平台，旨在通过整合多维数据来解析生物组织的复杂结构。该资源汇集了涵盖四个物种的72个空间转录组数据集，包含超过110万个位点和882个组织切片，并匹配了大规模的单细胞RNA测序参考数据。通过其内置的五个核心分析模块，用户可以识别空间域、映射细胞类型分布、发现区域特异性生物标志物以及探索细胞间的通讯网络。研究人员利用该平台能够直观地可视化基因表达的连续空间模式，从而深入理解...

这篇研究通过大规模平行报告分析（MPRA），对超过22万个与人类复杂性状和疾病相关的非编码遗传变异进行了功能解析。研究者在五种不同细胞系中鉴定出13,121个具有调控活性的性状相关调控变异（TARVs），显著提升了识别因果变异的精准度。通过饱和突变技术，研究揭示了即使在缺乏已知转录因子基序的区域，变异也能通过隐匿机制影响基因表达。此外，该研究还探讨了调控上位性，证明了同一调控元件内多个变异如何通过非加性协同作用重...

这项研究介绍了一个名为 The AI Scientist 的全自动系统，它能够自主完成从科学构思、实验操作、数据分析到论文撰写及同行评审的完整研究生命周期。该系统利用现代基础模型和代理搜索算法，在机器学习领域实现了端到端的科研自动化，其生成的论文甚至通过了顶级会议工作坊的匿名评审。研究团队还开发了自动化评审机制，其评估准确度已达到人类专家的平均水平，并发现随着底层模型能力的提升，AI 产出的科研质量也显著增强。尽管目...

这项研究揭示了 肠道微生物群 通过分泌 代谢产物 （特别是 烟酸 ），在确立大肠不同区域的 细胞身份 中起着决定性作用。实验证明，结肠细胞的区域化特征并非源于干细胞的内在遗传，而是受到微生物信号的外部驱动。通过激活 PPARα 通路，微生物产生的烟酸能诱导结肠近端细胞形成特定的基因表达模式，从而增强组织对 损伤 的抵抗力。此外，研究还发现这种微生物调控的区域特征在 克罗恩病 患者中会发生缺失，揭示了肠道健康与区域平...

CellHermes 是一种创新的生物语言模型，通过将复杂的多组学数据转化为自然语言指令，实现了对细胞系统的统一理解。该研究突破了以往从头训练特定模态模型的限制，利用预训练大语言模型（LLM）的推理能力，高效整合了转录组、蛋白质相互作用网络及文本知识。在功能上，它不仅能作为编码器生成高质量的基因和细胞嵌入，还能作为预测器统一处理药物扰动和细胞适应性等多种任务。此外，该模型具备独特的解释器功能，能结合注意力机制与...

UCLA ATLAS 社区健康倡议通过整合 92,164 名参与者的电子健康记录与基因数据，构建了一个极具祖源多样性的生物库。研究涵盖了 5 个大洲层级和 36 个细分层级的祖源群体，揭示了不同族群在疾病患病率和遗传风险上的显著差异。通过全表型关联研究（PheWAS）和全外显子组关联研究（ExWAS），科学家发现了多个此前未报道的祖源特异性风险位点。此外，该研究利用纵向临床数据，证实了遗传因素对司美格鲁肽（Semaglutide）减重效果的影响...

这项研究通过激光捕获显微切割技术，成功克服了人体组织提取的难题，对人类背根神经节（hDRG）神经元进行了深度单细胞RNA测序。研究团队构建了一个包含16种不同分子类型的神经元图谱，揭示了人类在疼痛与温度感知方面独特的遗传特征。通过将人类数据与小鼠、猕猴进行跨物种比较，科学家发现了人类特有的神经元亚型，这解释了为何许多在动物实验中有效的药物在人体临床中表现不佳。此外，研究还结合了空间转录组学与生理学记录，验...

这项研究介绍了一种名为“Trikines”的新型细胞因子工程策略，旨在克服传统免疫疗法的毒性和局限性。研究人员通过将基础细胞因子与特定的受体结合模块融合，强制免疫细胞表面形成三链受体复合物。这种设计实现了“与门（AND-gated）”信号传导，能够精准重塑细胞内部的STAT信号通路，而无需对细胞进行基因改造。实验表明，IL-2/21-Trikine能显著降低全身毒性并维持T细胞的干性，而IL-10/2-Trikine则能有效促进免疫细胞浸润，对胰腺癌和...

这项研究探讨了R2逆转录转座子蛋白如何通过不同的DNA修复途径，将RNA模板转换并整合进人类基因组。研究人员利用名为PRINT的基因传递系统，发现宿主细胞中的Polθ聚合酶和ATR蛋白共同促进了微同源介导的末端连接。与此同时，由53BP1、shieldin复合物以及CST-Polα-引物酶组成的修复轴则支持了另一种填补合成路径，但这通常会导致转座基因发生严重的序列缺失或截断。此外，研究还揭示了依赖于CtIP和MRN的链切除机制，它能促使cDNA与目...

该研究揭示了生物体在早期发育过程中，如何通过细胞骨架的动力学调控来克服物理上的不稳定性，从而实现细胞质的精准分割。研究者结合斑马鱼与果蝇胚胎实验及理论模拟，发现原本依赖微管自催化生长的分割过程本质上是不稳定的，容易导致细胞室融合。为了维持结构的稳定性，不同物种演化出了两种互补策略：一是通过细胞周期时钟在不稳定现象发生前完成分裂，二是通过限制微管成核数量来减缓生长速度。这些发现表明，生物钟与物理失稳...

3d-OT 是一款专为空间多组学数据设计的深度几何感知计算框架，旨在解决异质组织切片的特征提取、空间域识别及三维对齐难题。该研究发表于《Nature Methods》，其核心由 PointNet++ 编码器和软对应最优传输（SCOT）模块组成，能够有效整合位置几何信息与多模态分子数据。通过引入倒角距离等指标，3d-OT 在处理组织非刚性形变和分辨率差异方面表现卓越，显著优于现有的单细胞分析方法。实验证明，该框架能精确还原小鼠脑皮层的精细解...

这份研究通过整合来自23种癌症类型的单细胞转录组数据，构建了迄今为止最全面的双阴性T细胞（DNT）全癌种单细胞图谱。研究团队鉴定出14个具有独特功能和临床意义的DNT亚群，涵盖了具有免疫调节功能的αβ DNT和具备强细胞毒性及抗原呈递能力的γδ T细胞。通过空间转录组和功能实验，研究揭示了特定亚群（如T14_HLA-DR+）在增强抗肿瘤免疫和预测免疫治疗响应中的关键作用。此外，研究还发现了肠道驻留DNT细胞在肿瘤环境下的功能可塑性...

本文介绍了一种名为 Genes2Genes (G2G) 的新计算框架，专门用于比较单细胞转录组数据中的伪时间轨迹。传统的动态时间规整（DTW）方法往往难以准确识别细胞状态之间的不匹配，而 G2G 结合了贝叶斯信息论与动态规划算法，能够精确捕捉基因水平上的序列匹配、扭曲以及插入或删除等失配现象。通过对模拟和真实数据集的验证，该工具在分析疾病细胞状态和优化体外培养条件方面展现了卓越的准确性。例如，它成功识别出体外培育的 T 细胞与...

这项发表在《Nature biotechnology》的研究通过ICGC–TCGA DREAM挑战赛，对31种肿瘤亚克隆重构算法进行了长达七年的众包基准测试。研究团队利用云端算力在51个模拟肿瘤数据集上执行了逾万次分析，旨在评估算法在推断肿瘤纯度、演化特征及系统发育树方面的准确性。实验结果表明，算法的选择对预测准确性的影响远超肿瘤自身的生物学特征，且没有任何单一算法能在所有评估任务中均拔得头筹。研究特别强调，经纯度校正的测序深度（NRPCC...

OmicClaw 是一个建立在 OmicVerse 生态系统之上的创新性多组学分析框架，旨在解决生物信息学工具碎片化和工作流难以复现的问题。该系统通过核心运行时层 J.A.R.V.I.S.，将复杂的自然语言指令精准转化为可执行的分析流程，有效减少了人工智能在编写代码时的“幻觉”现象。它集成了超过 200 个注册函数，涵盖了单细胞、空间转录组和批量测序等多种组学任务，并支持与大语言模型的深度协作。此外，该项目还提供了一个功能丰富的网页平台...

这篇文章介绍了一项针对501种癌症细胞系的大规模基因功能研究，旨在绘制 癌症依赖图谱 。研究团队开发了名为 DEMETER 的计算模型，有效区分了RNA干扰中的脱靶效应与真实靶向作用，从而识别出769个关键的 差异依赖基因 。通过分析数万个分子特征，研究者利用 ATLANTIS 回归模型成功预测了多项基因依赖性，发现 RNA表达水平 是比DNA突变更核心的生物标志物。该图谱将这些依赖关系划分为 癌基因成瘾 及 旁系同源缺失 等四类，并通过实...

这份研究介绍了一个利用增强型 in vivo Perturb-seq 技术构建的全小鼠大脑基因功能图谱。研究人员通过对 74 只小鼠的大脑进行高通量筛选，分析了 1,947 个与疾病相关的基因在 770 万个单细胞核中的表达反应。实验结果揭示了基因在不同神经元类型中具有特异性的生存必要性，并展现了复杂的转录调控网络。研究特别发现，像 Grin2a 和 Grin2b 这样相似的致病基因在相同细胞中竟会触发截然相反的转录程序。此外，该图谱证实了神经发育...

Celcomen 是一种基于生成式图神经网络的创新计算框架，旨在从空间转录组数据中解离细胞内与细胞间的基因调控程序。该研究利用数学上的因果可解释性，克服了以往模型在处理复杂组织交互时的“黑箱”局限。通过在人类胶质母细胞瘤、胎儿脾脏及小鼠肺癌等临床样本中的应用，该工具证明了其在模拟基因敲除和组织扰动方面的卓越准确性。它不仅能预测实验难以获取的反事实空间状态，还为理解疾病进展和筛选治疗方案提供了精密的数学保障。...

这项研究介绍了 X-Atlas/Pisces，这是目前全球规模最大的全基因组单细胞扰动数据集，包含 2560万个转录组数据，涵盖了 16 种不同的生物背景。基于这一海量资源，作者开发了名为 X-Cell 的扩散语言模型，专门用于预测基因受扰动后的细胞反应。该模型通过迭代扩散过程精细化预测结果，并利用多模态生物先验知识（如蛋白质模型和相互作用网络）进行跨注意力引导。研究团队将模型扩展至 49 亿参数的 X-Cell-Ultra，首次证明扰动预测遵...

这项研究揭示了控制小胶质细胞和组织驻留巨噬细胞发育的独特遗传机制。研究发现，虽然转录抑制因子 Zeb2 对所有巨噬细胞的形成都至关重要，但不同发育阶段的细胞依赖不同的增强子来驱动其表达。在原始造血过程中，转录因子 Maf 和 Jun 共同作用，独立于特定的 -165 kb 增强子来激活 Zeb2，从而推动小胶质细胞的产生。相比之下，来自定型造血（如成年骨髓）的单核细胞和巨噬细胞则必须依赖该增强子才能发育。实验表明，缺乏 Maf 的...

这篇研究通过建立原代人类皮层细胞的体外培养系统，结合单细胞CRISPRi（干扰）筛选技术，系统地解析了调控神经发生的基因网络。研究人员重点考察了44个转录因子对径向胶质细胞分化的影响，发现了如ZNF219等调控神经分化的新因子，并揭示了NR2E1和ARX在控制兴奋性与抑制性神经元比例及发育节奏中的对立作用。通过整合谱系追踪技术，该研究证实了转录因子的扰动能改变单个祖细胞的命运走向与成熟速度。此外，实验识别出一系列与神经...

这项发表于《细胞报告医学》（Cell Reports Medicine）的研究通过整合全基因组测序、单细胞转录组及空间转录组技术，系统揭示了高等级浆液性卵巢癌的多位点转移演变全景。研究者开发了名为 STARLETS 的追踪系统，发现肿瘤克隆在缺氧和免疫压力的双重筛选下，演化出具有更强转移能力的克隆并向腹腔扩散。研究鉴定出一个由 SPP1+ 巨噬细胞、MMP11+ 成纤维细胞与恶性上皮细胞构成的“三元合奏”结构，该结构在腹水和转移灶中促进肿瘤扩...