千菌万码 Microbial Matters

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 尿液为什么是黄色的？血红素是怎么一步步被代谢，最终变成尿胆素并排出体外的？胆红素如果不能有效清除，会对身体造成什么样的影响？肠道微生物在血红素代谢中扮演了怎样不可替代的角色？什么是BilR酶，它是如何被发现并确认具有胆红素还原功能的？BilR在不同细菌和人群中分布如何？是否和疾病有关？新生儿为什么更容易发生黄疸？炎症性肠病患者是否存在胆红素代谢功能缺陷？为...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 痛风的根源是什么？为什么近年来中国高尿酸血症的患病率如此迅速攀升，已经成为继“三高”之后的“第四高”？人类为何在进化中失去了尿酸酶基因，导致我们成为“天生痛风圣体”？现有的降尿酸药物有哪些副作用，为什么需要探索新的降尿酸途径？肠道菌群如何在尿酸代谢中发挥了重要作用，能够帮助我们有效降低尿酸水平？斯坦福大学的最新研究如何揭示肠道细菌降解尿酸的潜在机制？中山...

Microbial Matters, a podcast introducing latest microbiome research. Hi, I’m Jerry Zhang, a chemical biologist studying human microbiome. In this Podcast, I’m going to share with you newest advances in microbiome research, especially those related to human health. Sarrazin-Gendron, R. et al. Improving microbial phylogeny with citizen science within a mass-market video game. Nat. Biotechnol. 1–9 (2...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章是：Improving microbial phylogeny with citizen science within a mass-market video game （通过大众市场电子游戏中的公众科学改进微生物种系发生学）。在2024年4月发表于《自然·生物技术》。 第一作者： Roman Sarrazin-Gendron 通讯作者：Jérôme Waldispühl 通讯单位：McGill University 麦吉尔大学 你玩过《无主之地3》这款游戏吗？游戏中的内置街机小游...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章是：A key genetic factor governing arabinan utilization in the gut microbiome alleviates constipation(一个控制肠道微生物组中利用阿拉伯聚糖的关键基因簇缓解了便秘)。在2023年11月发表于Cell Host & Microbe（细胞·宿主与微生物）。 第一作者：张程程 通讯作者：翟齐啸，张家超，黄适 通讯单位：江南大学食品学院，海南大学食品科学与工程学院，香港...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章： 文章1：Fatty Liver Disease Causedby High-Alcohol-Producing Klebsiella pneumoniae，2019年发表于Cell Metabolism. 第一作者：袁静 通讯作者：袁静，刘翟，杨瑞馥 通讯单位：首都儿科研究所，中国科学院武汉病毒研究所，中国人民解放军军事科学院军事医学科学研究院微生物流行病研究所 文章2：Bacteriophage targeting microbiota alleviates non-alcoholic...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章： Shen, J., Zhang, J., Mo, L., Li, Y., Li, Y., Li, C., Kuang, X., Tao, Z., Qu, Z., Wu, L., et al. (2023). Large-scale phage cultivation for commensal human gut bacteria. Cell Host Microbe 31 , 665-677.e7. 10.1016/j.chom.2023.03.013. 肠道里除了细菌还有什么微生物？噬菌体在肠道生态系统中扮演什么角色，它们又是如何调节细菌种群的？中科院深...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天给大家分享一下我对《身体的问题，肠知道》一书的读后感。这本书由拉施妮·拉杰博士撰写，她是一位专门研究消化道疾病的医生和科普作家。书中用房子比喻人体，探讨肠道菌群在维持健康方面的重要性。书中列举了最新的研究结果，详细解释了“房子”的每个房间与肠道菌群的关系。作者还提供了具体的食谱和建议，旨在帮助读者改善肠道健康。对于希望学习一些基本的肠道菌群与健康的...

Microbial Matters, a podcast introducing latest microbiome research. I’m Jerry Zhang, a chemical biologist working on human microbiome. In this Podcast, I’m going to share with you newest advances in microbiome research, especially those related to human health. What is the link between gut microbiota and metabolic diseases in humans? Which study found the link between obesity and gut microbiota?...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章： Wang, K., Zhang, Z., Hang, J., Liu, J., Guo, F., Ding, Y., Li, M., Nie, Q., Lin, J., Zhuo, Y., et al. (2023). Microbial-host-isozyme analyses reveal microbial DPP4 as a potential antidiabetic target. Science 381 . 10.1126/science.add5787. 二肽基肽酶4（DPP4）对于血糖调控有什么作用？什么是“肠道菌源宿主同工酶”？菌源DPP4对于宿主糖耐量有...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的两篇文章： 1.Tian, J. et al. Inactivation of the antidiabetic drug acarbose by human intestinal microbial-mediated degradation. Nat Metabolism 1–14 (2023) doi:10.1038/s42255-023-00796-w. 2.Keller, L. J. et al. Chemoproteomic identification of a DPP4 homolog in Bacteroides thetaiotaomicron. Nat. Chem. Biol. 1–11 (2023) doi:10.1038/s41589-02...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章是：Commensal microbiota from patients with inflammatory bowel disease produce genotoxic metabolites （炎症性肠病病人的菌群产生有遗传毒性的代谢物）。在2022年10月发表于《科学》（Science）杂志上。 第一作者： 曹议匀 通讯作者：Noah W. Palm 通讯单位：耶鲁大学 结直肠癌与肠道菌群有什么关系？ 什么细菌会产生造成DNA突变的毒素？ 摩根菌产生了什么...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章是：Codiversification of gut microbiota with humans （人类与肠道菌群的共同多元化）。2022年9月发表于Science 《科学》杂志。 第一作者：Taichi A. Suzuki, J. Liam Fitzstevens 通讯作者：Ruth E. Ley 通讯单位：Max Planck Institute for Biology, Tubingen 马克斯普朗克生物研究所 我们已经知道，人类的肠道里有数万亿个细菌，它们帮助我们消化食物、抵御...

Microbial Matters, a podcast introducing latest microbiome research. J. Suez, Y. Cohen, R. Valdés-Mas, U. Mor, M. Dori-Bachash, S. Federici, N. Zmora, A. Leshem, M. Heinemann, R. Linevsky, M. Zur, R. B.-Z. Brik, A. Bukimer, S. Eliyahu-Miller, A. Metz, R. Fischbein, O. Sharov, S. Malitsky, M. Itkin, N. Stettner, A. Harmelin, H. Shapiro, C. K. Stein-Thoeringer, E. Segal, E. Elinav, Personalized micr...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章是：Personalized microbiome-driven effects of non-nutritive sweeteners on human glucose tolerance （甜味剂对葡萄糖耐受的影响是个人化的，且由菌群驱动）. 在2022年8月发表于Cell细胞杂志。 第一作者： Jotham Suez, Yotam Cohen 通讯作者：Eran Segal, Eran Elinav 通讯单位：Weizmann Institute of Science 以色列魏茨曼科学研究所 00:38 Eran们的实验室...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章是：Akkermansia muciniphila phospholipid induces homeostatic immune responses （嗜黏蛋白阿克曼菌的磷脂诱导稳态免疫响应）。在2022年7月发表于Nature自然杂志。 第一作者： Munhyung Bae, Chelsi D. Cassilly 通讯作者：Ramnik J. Xavier, Jon Clardy 通讯单位：哈佛医学院，博德研究所 00:51 阿克曼菌与人类健康 02:05 阿克曼菌身上啥是宝？ 03:22 阿克曼...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 不知道大家能不能听出来，这是我换了新话筒以后录的第一期节目，我趁Prime Day买了一个AmazonBasics的一个电容话筒，不知道音质有没有提升？ 今天介绍的文章是：Gut metabolites predict Clostridioides difficile recurrence （肠道代谢物预测艰难梭菌复发）。在2022年6月发表于Microbiome（微生物组）上。 第一作者： Jennifer J. Dawkins, Jessica R. Allegretti 通讯作者：G...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章是：A centimeter-long bacterium with DNA contained in metabolically active, membrane-bound organelles （一个厘米级的、DNA在代谢活跃、膜包裹的细胞器中的细菌）。在2022年6月发表于Science科学杂志。 第一作者： Jean-Marie Volland, Silvina Gonzalez-Rizzo, Olivier Gros 通讯作者：Tanja Woyke, Shailesh V. Date 通讯单位：美国劳伦斯伯克利国家实验...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章是：High-throughput, single-microbe genomics with strain resolution, applied to a human gut microbiome （高通量、有菌株解析度的单细菌基因组应用于人类肠道菌群）；在2022年6月发表于Science科学杂志上。 第一作者： 郑文山、赵诗杰 通讯作者：Peter Lu, Eric Alm, David Weitz 通讯单位：哈佛大学，麻省理工学院 00:55 研究菌群基因组的几种策略与其局限...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章是：Noninvasive assessment of gut function using transcriptional recording sentinel cells (使用转录记录的哨兵细胞进行肠道功能的非侵入评估)。在2022年5月发表于Science科学杂志。 第一作者： Florian Schmidt, Jakob Zimmermann, Tanmay Tanna 通讯作者：Andrew Macpherson, Randall Platt 通讯单位：ETH Zurich苏黎世联邦理工学院, 伯尔尼大学 01:07 Rec...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章是：Dosing a synbiotic of human milk oligosaccharides and B. infantis leads to reversible engraftment in healthy adult microbiomes without antibiotics （人奶寡聚糖与婴儿双歧杆菌组成的共生元可以在不服用抗生素的健康成人菌群中可逆移植）。在2022年5月发表于cell host & microbe (细胞 - 宿主与微生物）。 第一作者： Julie Button 通讯作者：Gr...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章是：Metagenome assembly of high-fidelity long reads with hifiasm-meta（使用hifiasm-meta进行高保真长读长测序的宏基因组组装）。2022年5月发表于Nature Methods（自然-方法）。 第一作者： Xiaowen Feng 通讯作者：Heng Li 通讯单位：丹娜-法伯癌症研究所 00:24 “千菌万码”名字的来源 03:09 长读长测序原理与优缺点 06:40 文章介绍 H. Cheng, G. T. Concepci...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章是：Fecal microbiota transfer between young and aged mice reverses hallmarks of the aging gut, eye, and brain （年轻与年老的小鼠之间的粪菌移植逆转了肠道、眼睛和大脑的衰老特征），在2022年4月发表于Microbiome。 第一作者：Aimee Parker (兼通讯作者） 通讯作者：Simon Carding 通讯单位：Quadram Institute (英国诺维奇） A. Parker, S. Romano, R. A...

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 我正在创建一个介绍最新肠道菌群研究文献的播客，千菌万码。您可以在各个播客平台收听到它。您还可以在爱发电平台支持我！ 为什么我想要开始做这一档播客？您收听就知道了。 欢迎大家多多提出宝贵意见！